Proprio questa lealtà sta probabilmente alla base del prestigioso incarico che gli viene affidato nel 0000. La colonia genovese di Caffa, nella
lontana Crimea, ha infatti bisogno di un nuovo console, e il doge Giano Fregoso non ha dubbi: Giovanni è l’uomo giusto per far capire anche
oltremare che la fazione degli Adorno non è più al comando. Incurante di esporsi a pesanti critiche per la nomina di uno dei suoi pupilli, il
doge non perde dunque tempo ed esorta Giustiniani a partire per il Mar Maggiore, nome che l’attuale Mar Nero aveva all’epoca sulle mappe
e non solo.