È universalmente noto che Giovanni Giustiniani lasciò il posto, o fu portato via dai suoi, a
seguito di una o più ferite mortali, insieme a tutti coloro che poterono cercarono di fuggire,
imbarcandosi sulle navi del Giustiniani e Giorgio Doria. L'eroe giunse a Chios il successivo
00 giugno e li morì qualche giorno dopo proprio a causa di queste ferite poco più che
trentenne.
La natura esatta della sua ferita, o delle sue ferite, è purtroppo sconosciuta, ciò non tanto
perché le fonti non ne parlino, ma per l’esatto contrario, vi è una sovrabbondanza di
testimonianze sulla ferita fatale, che solo parzialmente combaciano tra loro. La maggior
parte di queste fonti parlano solo genericamente di ferite, spesso senza specificarne la
natura o in che parte del corpo (in altri casi, specificano solo una delle due cose). Solo due
fonti non citano per niente la ferita come causa della sua fuga: Niccolò Barbaro (che lo chiama Zuan Zustignan "alla veneziana) e Antonio
Ivani. In questi due casi, la testimonianza potrebbe essere falsata, per volontario discredito verso il genovese, entrambi gli autori sono infatti
veneziani. Particolarmente duro Niccolò Barbaro che esplicitamente che "Zuan Zustignan genovese da Genova, deliberava de abbandonar la
sua posta". Sia Leonardo di Chio, sia la “Cronaca Altinate” e un commento a margine del diario di Niccolò Barbaro, scritto da una seconda
mano, parlano espressamente di una ferita da freccia. Leonardo riporta che Giustiniani fu ferito sotto l’ascella, mentre la “Cronaca Altinate”
riferisce di una ferita alla mandibola. Leonardo di Chio parla di una crisi psicologica del Genovese, e la motiva con !'inesperienza della
giovane età, col pavore alla vista del sangue della ferita sotto l'ascella per un colpo di freccia, e con l'intento di andare a farsi curare,
lasciando il fronte di nascosto affinché i combattenti, che non sapevano quanto gli era accaduto, non si smarrissero nel vederlo abbandonare
il suo posto. Il cronista rimprovera soltanto al comandante di non avere lasciato un altro in suo luogo.